Martin Mystère è uno studioso che si occupa in maniera scientifica di fatti apparentemente "impossibili", ritenuti inspiegabili dalla scienza ufficiale e facilmente rimossi. Una caratteristica che lo differenzia dalla maggior parte degli eroi di fumetti (con l'esclusione di Valentina di Crepax e di Dick Tracy di Chester Gould) è quella di invecchiare. Il professor Martin Jacques Mystère, che vive a New York a Washington Mews, segue infatti lo stesso continuum spazio-temporale del lettore. Rimanendo indubbiamente la stessa persona, Mystère in oltre 20 anni è invecchiato e si è trasformato nel BVZM (il Buon Vecchio Zio Marty).
Da giovane ricercatore che si gettava allegramente, in piena notte, con il deltaplano dalle alte rupi di inviolati monasteri greci, tenendo in tasca un'antica arma paralizzante proveniente dal perduto continente di Mu, attualmente Mystère passa più tempo davanti al suo fido Macintosh per preparare (in perenne ritardo) il prossimo libro e soprattutto le puntate del suo programma televisivo, "I Misteri di Mystère" che riscuote un discreto successo, tanto da permettergli di finanziare gli avventurosi viaggi ma anzitutto l'acquisto di libri per la sua straripante biblioteca.
L'avventura per il Detective dell'Impossibile è, prima di tutto, una nuova esperienza della mente. Che si tratti di portare alla luce testimonianze di civiltà dimenticate, di scoprire perché un antico villaggio in Francia è abitato da licantropi, di lottare contro gli spietati Uomini in Nero che vorrebbero distruggere ogni traccia del nostro remoto passato, Martin Mystère guida il lettore alla incessante scoperta di bellezze artistiche, di culture raffinate e poco note, di luoghi incantati e interessanti curiosità archeologiche. Il tutto documentato in modo quasi maniacale dagli autori.
Martin Mystère condivide lo stesso universo narrativo di altri personaggi bonelliani: Dylan Dog, Mister No, Zagor. Una versione robotica di Martin Mystère (che pur avendo avuto sia la possibilità di ottenere un corpo biologico, sia quella di sostituirsi al Martin Mystere del passato, ha preferito rinunciarvi) vive nello stesso universo di Legs Weaver e Nathan Never.